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滑走型のヒラタカゲロウ科幼虫は葉状エラと房状エラを持つ。葉状エラの形はやや斜めにゆがんだものから綺麗な円形まで様々で、色は透明で体液の流れが見えることが多い。房状エラは目立つ種とそうではない種があり同定のポイントとなる。滑走型カゲロウ幼虫に含まれるのはヒラタカゲロウ科のみである。
遊泳型のコカゲロウ科幼虫は葉状エラを持つ。癖のない葉型の透明なエラで体液の流れが透けて見える。遊泳型カゲロウ幼虫のエラには他にも糸状エラと房状エラがあり、科レベルでの同定では重要なポイントとなる。（参考：遊泳型カゲロウ幼虫のエラの種類）
匍匐型のマダラカゲロウ科幼虫は板状エラを持つ。薄い板状をしており幼虫が生存している間は常に動いているため、液浸標本でないと観察が難しい。一部の種はエラの形で同定が可能だが、基本的に目安にはならない。（参考：匍匐型カゲロウ幼虫の板状エラの比較）
掘潜型のモンカゲロウ科幼虫は羽状エラを持つ。先端が２叉に分かれた羽状になっており生存中は常に動いている。掘潜型カゲロウ幼虫の科レベルでの同定では羽状エラの生える位置と方向が重要となる。（参考：掘潜型カゲロウ幼虫のエラの比較）